Le master BioImagerie, implanté au coeur de la région Rhône-Alpes, s'appuie sur un tissu industriel dense dont les filières électronique / numérique, des nouveaux matériaux, des industries liées à la santé ou utilisatrices des biotechnologies sont en plein essor. Les pôles Recherche et Développement de nombreux groupes sont basés dans la région Rhône-Alpes qui est également le second pôle de recherche scientifique et technique en France.

Plusieurs grands groupes, laboratoires privés et laboratoires publics, utilisant la microscopie en recherche et en analyse, sont impliqués dans le master. Ils accueillent les stagiaires et participent aux enseignements.

Les plateformes de microscopie lyonnaises sont également impliquées dans la formation des étudiants du master :